Chính quyền Liên bang Đông Dương dù có mang lại một số kỹ nghệ và tổ chức khoa học làm cuộc sống khá hơn về mặt vật chất nhưng chủ yếu là để tạo điều kiện cho người Pháp chứ không vì quyền lợi của dân bản xứ. Lý tưởng "Tự do, Bình đẳng, Bác ái" ("Liberté, Égalité, Fraternité") tuy xuất xứ từ Pháp nhưng dân của sáu xứ Đông Dương không được hưởng đầy đủ những quyền lợi đó. Một thí dụ cụ thể là đạo luật hiện hành ở chính quốc như luật cấm trẻ em lao dịch thì ở Đông Pháp không áp dụng những luật pháp đó.[112]

Chủ nghĩa dân tộc nhất là đối với người Việt cho dù bị chính quyền Bảo hộ cố vùi lấp, vẫn là tiếng gọi vang vọng. Cuộc khởi nghĩa của Đề Thám ở vùng Phú Thọ và Phúc Yên kéo dài đến năm 1913 mới bị dập tắt.[113] Trong khi đó luôn có những âm mưu đánh đuổi người Pháp như vụ Hà Thành đầu độc (1908), vụ nổ bom ở Bắc Kỳ do Việt Nam Quang phục Hội thực hiện (1913), việc vua Duy Tân bôn tẩu (1916), vụ mưu sát Toàn quyền Merlin của Tâm Tâm Xã (1924), cuộc Khởi nghĩa Yên Bái của Việt Nam Quốc dân Đảng (1930) làm chính phủ Bảo hộ phải luôn tìm cách trấn áp.

Để vô hiệu hóa sức đề kháng của dân bản xứ, chính phủ Bảo hộ thường tuyên truyền đề cao những nhân vật và sự kiện lịch sử với nước Pháp ở cương vị nhân từ, dìu dắt và bảo vệ người bản xứ như trường hợp Giám mục Bá Đa Lộc. Với cao trào đòi độc lập, chính quyền Bảo hộ còn đưa ra chính sách "Pháp Việt Đề huề" để vận động đường lối hợp tác giữa người Pháp và các dân tộc Đông Dương, nhất là dân Việt.

Ngoài việc vận động tâm lý, người Pháp còn duy trì một lực lượng quân sự để củng cố quyền lực. Lực lượng này gồm lính chính quy Pháp và quân bản xứ, thường gọi là lính tập. Đội quân này được dùng trong việc đánh dẹp cũng như canh gác, giữ trật tự xã hội theo quan niệm của nhà nước Bảo hộ.

Vào đầu thập niên 1930 thì có khoảng 10.000 tù nhân chính trị trong các nhà tù lớn nhỏ ở Đông Dương.[114]